【결정요지】

1. 1961. 5. 16. 쿠데타를 일으킨 군부는 서울과 전국의 주요 도시를 장악한 후 군사혁명위원회를 설치하여 ‘반공을 국시의 제일의로 삼아 반공체제를 재정비 강화한다’는 등의 혁명공약을 발표하고 전국에 비상계엄을 선포하고, 이후 금융을 동결하고 공항과 항만을 봉쇄하며 국무위원을 체포한다는 포고령을 발표하여 내각을 총사퇴시킨 뒤 입법․사법․행정 등 국가권력의 전권을 장악하였다.

쿠데타 직후 미국의 반대에 부딪힌 쿠데타세력은 ‘쿠데타의 성공을 예측할 수 없는 불안한 분위기속에서’ 피해자들이 소속된 정당 및 사회단체의 구성원들을 예비검속한 것으로 확인되었으며, 이후 군․검․경 합수부와 중앙정보부는 예비검속된 진실규명대상자 등을 장기간 구금한 상태에서 ‘범법자분류심사위원회’에 회부하여 이들을 A(주동)ㆍB(행동)ㆍC(희박)등급으로 심사한 후 그 중 A급은 혁명재판소에서 소급법인 특수범죄처벌에관한특별법을 적용하여 처벌한 것으로 확인되었다.

2. 이 과정에서 최고회의 등이 진실규명대상자들을 영장 없이 체포․연행하여 장기간 구금하고 그 중 일부에게는 가혹행위를 가한 것으로 확인되었는데, 이러한 불법구금행위와 가혹행위는 범죄행위로 형사소송법 제420조 7호, 제422조 소정의 재심사유에 해당한다.

3. 쿠데타 주도세력은 예비검속된 진실규명대상자들을 처벌하기 위하여 불법기관인 국가재건최고회의를 설치하고, 스스로 국가재건비상조치법을 제정한 후, 동법 제22조 규정에 따라 혁명재판소및혁명검찰부설치법ㆍ특수범죄처벌에관한특별법을 제정하였는데, 이는 당시 헌법에 위반되며, 특히 3년 6월을 소급 처벌하도록 정한 특수범죄처벌에관한특별법은 헌법이 정한 ‘소급효금지의 원칙’에 정면으로 위반된다.

4. 혁명재판소에 회부된 교원노조사건ㆍ피학살자유족회사건ㆍ경북사회당사건의 피해자들이 반국가단체인 북한을 이롭게 하려는 목적이나 고의가 있었는지 확인이 되지 않고, 범죄사실에 대한 뚜렷한 증거가 없음에도 혁명재판소는 소급법인 특수범죄처벌에관한특별법을 적용, 피해자들을 유죄로 처벌한 것으로 확인되는데, 이는 소급효금지의 원칙 및 증거재판주의를 위반한 위법이 있는 것으로 판단된다.

또한 문교부 등은 적법한 절차에 의하지 않고 교원노동조합의 조합원 등을 강제 면직하여 교단에서 추방하고, 6․25전쟁 중 군ㆍ경에게 집단으로 살해된 피학살자들의 유골과 합동묘ㆍ비를 유족의 동의도 없이 경찰이 강제로 훼손한 것으로 확인되었는데 이 같은 행위는 위법․부당한 공권력의 행사로 인한 중대한 인권침해행위에 해당한다.

5. 국가는 5ㆍ16쿠데타 직후 쿠데타 주도세력이 정치적 목적으로 정당 및 사회단체 구성원 등을 예비검속하여 불법구금하고 가혹행위를 가한 사실에 대하여, 혁명재판소가 재판과정에서 소급효금지의 원칙 및 증거재판주의를 위반하여 진실규명대상자들을 유죄로 처벌한 점에 대하여 진실규명대상자와 그 유가족들에게 모두 사과하고 화해를 이룰 수 있는 적절한 조치를 취하고, 진실규명대상자와 그 가족들의 피해를 구제하고 명예를 회복시키기 위하여 형사소송법이 정한 바에 따라 재심 등의 조치를 취하는 것이 필요하며, 아울러 국가는 5ㆍ16쿠데타 직후 강제 면직된 교사들 등의 강제면직에 대하여, 6ㆍ25전쟁 중에 군경 등에게 무고하게 살해된 사람들의 유골 및 합동묘ㆍ비를 경찰이 강제로 훼손한 행위에 대하여 유족들에게 사과하고 명예를 회복시킬 수 있는 적절한 조치를 취하는 것이 필요하다.

또한 법원과 헌법재판소는 특별법 등의 위헌성 판단을 통하여, 입법부는 특별법의 제정을 통하여 진실규명대상자들과 같이 확정판결을 받고 처벌받은 피해자들의 명예를 회복할 수 있는 기회를 부여하는 것이 타당하며, 아울러 현재까지 폐지되지 않은 이 사건의 적용 법률인 특별법과 ‘혁명입법’으로 제정된 국가재건비상조치법 등의 법률 정비에 대한 조치가 필요하다.